Um nicht das sehr gefährliche Flash im Browser aktivieren zu müssen, sollten Sie Web-Videos immer auf Ihre Festplatte herunterladen und von dort abspielen. Dies erspart Ihnen außerdem den zusätzlichen Download-Datenverkehr der anfiele, wenn Sie ein Streaming-Video mehrmals betrachten würden. JonDoFox enthält dazu einige Download-Tools. Für Windows und Linux (unter WINE) gibt es außerdem ein hervorragendes Freeware-Programm namens aTube Catcher. Sie können dieses Programm für JonDo konfigurieren, indem Sie in aTube Catcher unter Tools->Connection settings den HTTP-Proxy aktivieren und ihn auf Host:127.0.0.1 und Port: 4001 setzen.

Als Abspielprogramm für alle Betriebssysteme und alle Formate eignet sich der kostenlose VideoLAN Media Player besonders gut.