Die empfohlene Methode zur Aktualisierung ist, die installierte Version von JonDoFox mit der jeweils aktuellen Version zu "überspielen". Normalerweise sollte es beim Update einzelner Erweiterungen über die Auto-Update-Funktion aber keine Probleme geben, so dass diese ebenfalls genutzt werden kann.

Auch der Browser selbst kann automatisch aktualisiert werden. Bei größeren Versionssprüngen kann es aber passieren, dass einzelne wichtige Erweiterungen danach nicht mehr funktionieren.