Flash- und Java-Inhalte werden von JonDoFox standardmäßig blockiert, da eine Webseite sonst Ihre IP-Adresse aufdecken kann. Sie können ein Flash/Java-Applet aber durch einen expliziten  Klick darauf ausführen. Hinweis: Viele Webseiten zeigen Flash-Applikationen erst an, wenn Sie für diese Seiten vorher JavaScript zulassen.

Wenn Sie nur Web-Videos auf Videoportalen betrachten möchten, laden Sie diese besser herunter. Falls Sie Flash unbedingt in Ihrem Browser ausführen wollen, sollten Sie zumindest möglichst restriktive Sicherheitseinstellungen setzen:

Um den Settings-Manager auszuführen müssen Sie zunächst die Domains macromedia.com und adobe.com für JavaScript freigeben. Anschließend sollten Sie den Speicher für Webseiten auf "0" begrenzen und zusätzlich die Speicherung von Webseiteninformationen (Drittanbieter) vollständig verbieten. Das verhindert, dass Sie sich sogenannte Flash-Cookies einfangen.

Damit Ihre IP-Adresse über Flash nicht zu einfach aufgedeckt werden kann, müssen Sie Ihrem Rechner sämtliche Verbindungen ins Internet zu den Ports 80 und 443 verbieten. Dies ist z.B. über eine Personal Firewall möglich. Erlauben Sie wenn möglich Ausnahmen für JonDo bzw. für die Adressen des JonDonym-Netzwerks.

Um Angriffe auf Ihr System zu verhindern, sollten Sie Flash-Inhalte in einer virtuellen Umgebung wie VMWare oder Virtual PC, oder in einer Sandbox ausführen.