Grundsätzlich können Sie JonDo mit jeder Internet-Anwendung benutzen, welche es erlaubt, einen HTTP-Proxy in deren Konfiguration einzutragen. Die Standard-Werte zur Einstellung des Proxies sind folgende:

• Hostname/IP-Adresse: localhost (oder 127.0.0.1)
• Port: 4001

Manche Premium-Mix-Dienste bieten zusätzlich zur HTTP-Proxy-Schnittstelle auch eine SOCKS-Proxy-Schnittstelle an. Die Nutzung der HTTP-Schnittstelle wird jedoch gegenüber SOCKS empfohlen, wenn die jeweilige Internet-Anwendung dies unterstützt.

Vorsicht bei der Nutzung der SOCKS-Schnittstelle

Versichern Sie sich bei der Verwendung des SOCKS-Proxies aber bitte immer, dass die jeweilige Anwendung die DNS-Namensauflösung immer über den SOCKS-Proxy durchführt. Denn ansonsten werden Informationen über von Ihnen über JonDo kontaktierte Server zusammen mit Ihrer IP-Adresse an DNS-Server übertragen. Sollte die Konfiguration Ihrer SOCKS-Anwendung nicht auf den vorherigen Seiten aufgeführt sein, so überprüfen Sie dies bitte unter Verwendung einer Personal Firewall oder anhand von Tools, wie Wireshark. Wenn Sie mit diesen Begriffen nichts anfangen können, sollten Sie  SOCKS besser nicht benutzen.